Pour modifier cette couleur, il faut ajouter les définitions personnalisées des couleurs color4 et color12 à ~/.Xdefaults. J'utilise personnellement les définitions de bleu trouvées dans /etc/X11/app-defaults/XTerm-color et signalées comme venant de la configuration Debian.

! Another choice was from the Debian settings:
*VT100*color4: DodgerBlue1
*VT100*color12: SteelBlue1

Après un coup d'oeil à /etc/X11/Xsession, l'utilisation de ~/.Xresources ou ~/.Xsession est également possible.

Malheureusement, il faut redémarrer la machine (je n'ai pas trouvé d'autre moyen) pour obliger la relecture des resources X11.
update: Je m'en doutais bien évidemment, mais je suis une tanche en X11. donc merci à KiBi, oz, rgs et anhj de m'avoir signalé une meilleure méthode pour relire les ressources et de me rappeler qu'on en apprend tous les jours.
La bonne méthode en effet est d'utiliser xrdb(1) pour inclure les ressources dans le controleur de ressources.

hr@ubuntu:~/$ xrdb -merge .xsession

Et là, sous vos yeux ébahis, tout nouveau Xterm lancé aura les couleurs choisies. *w00t* si je puis dire. Ubuntu XTerm blue after Ah ben c'est beaucoup mieux, c'est la société française des ophtalmologistes qui vous remerciera.